ترکیب اعضای هیأت امنا به عنوان بالاترین رکن صندوق عبارتند از:
جلسات هیأت امنا حداقل سالی دو بار تشکیل می شود و جلسات با حداقل حضور دو سوم اعضا رسمیت می یابد و تصمیمات آن با حداقل ۵ رای اتخاذ می گردد.
دبیرخانه هیأت امنا در وزارت راه و شهرسازی مستقر است.